三国时期 (公元220～280年)
* 魏国 公元220～265年
* 蜀汉国 公元221～263年
* 吴国 公元222～280年
两晋时期 (公元265～420年)
* 西晋 公元265～316年
* 东晋 公元317～420年
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南朝时期 (公元420～589年)
* 宋 公元420～479年
* 齐 公元479～502年
* 梁 公元502～557年
* 陈 公元557～589年
北朝时期 (公元386～581年)
* 北魏 公元386～534年
* 东魏 公元534～550年
* 西魏 公元535～556年
* 北齐 公元550～557年
* 北周 公元557～581年
关于三国、魏晋及南北朝
公元200至581年间为中国的中世纪，在文化及科学等方面都有重要发展。东汉灭亡，军队强权在各地割据一方。在这段期间，南方比北方相对稳定及文明。同时佛教在全国迅速传播，北魏时期更大力提倡佛教以稳定政局。
佛教的流传使到印度文化传入中国。结果有关数学、天文及医学知识发展兴盛。医药学得到全面的发展，在汉代的基础上，广泛总结经验，出现了大量的医学著作，特别是脉学、针灸学、本草学及方剂学方面。
三国鼎立 (公元262年)
医学教育
这个时期医学教育水平已提高。公元443年南朝宋文帝时，太医令秦承祖要求朝庭派医官培训医学生以广传授，此属朝廷指派医师教育中医的创举。
虽然皇家学院早已在公元前124年成立，但其时主要教授文学、哲学及行政等，很少关于医学。然而在公元493年，皇家学院已扩充，置有中医学博士及助教。
针灸医术
针灸疗法在中国很普遍，是中国的物理治疗，源于古人发现利用石针刺压，可以有效地缓解身体的疼痛。先前描述
的多位医师如扁鹊、张仲景、华佗及樊阿都因此疗法而闻名。《黄帝内经.灵枢》亦有记载有关针灸医术的应用。
《针灸甲乙经》
《针灸甲乙经》是一本针灸疗法的典范。由皇甫谧所撰，总结了以前各书有关针灸疗法的经验，是最早及最完整的针灸疗法参考文献。此书论述经穴，包括有关中医解剖、生理并深入描述经脉概念。
另外也说明取穴部位及用针技巧，以及针灸的临床指标及应用后反应。
脉学
中医的内容里早已有血液及循环系统的概念，他们认为人体内有两个不同的循环系统，不同的物质在这两个系统内流动。血液从心脏泵出后，经血管灌输全身。而气是一种能量，从肺泵出后，经看不见的经络运行全身。
王叔和
《脉经》
王叔和(公元265 ~ 317年)是魏晋间的名医，所着的《脉经》集古代诊脉法的大成，并结合自己的临床经验。此书定脉象为24种如浮、滑、沉、弱等并有简明扼要的叙述。以动脉搏动的深浅、快慢、强度、节律及脉波形态等诊断病情及考察疗效。
方剂学
炼丹术及葛洪
炼丹方士
炼丹方士被认为是早期的药剂师。由于早期道教的长生思想，炼丹术非常普遍。在方士们研究不死之药的同时，炼丹方士们取得了不同化合物或金属提炼技术， 因而制出新型药物及滋补品。
葛洪《肘后备急方》
完成了巨著《肘后救卒方》或《肘后备急方》，是临床第一部急救手册。书中描述临床常见疾病的疗法，也包括预防策略，例如使用格离区防止传染病漫延，同时又提议利用药物预防疾病发生。
葛洪主张利用简、便、廉、验的疗法，一些方法沿用至今，如草麻黄及常山分别用于治疗哮喘及疟疾。据此书记载，当时对于一些传染病如伤寒、痢疾、疟疾、天花、麻疹及霍乱等已有较清楚的认识。
本草学
《神农本草经集注》另一位对中国医药发展有贡献的医家是陶弘景，是南朝齐、梁间的著名药物学家，他校订《神农本草经》。
《神农本草经集注》共记录730种药物，除了增加对每种药物的说明外，还将药物分做玉石、草本、虫兽、米食、果、菜及有名未用七大类，成为后期中医药分类的标准。
这本书是直至公元7世纪中期的主要医药文献。陶弘景亦将葛洪的《肘后备急方》改篇，撰成《肘后百一方》。
当时的炼丹方士及医师都是将手写的医学记录互相传阅，更有人雕刻在寺庙的石壁上以方便参考。例如在河南省洛
阳附近的龙门佛窟里，发现了一批公元6世纪未期的医学文献，在佛窟墙壁上发现约100篇医方，其中一篇是记载先前提到的葛洪以常山治疗疟疾的方法。
其他重要医学文献
其他此期的重要医学文献有雷敩的《雷公炮灸论》，是第一本药物炮制学专着。书中主要描述植物类药，系统地总结药物炮制方法，如炮法、蒸法、煮法等，一直到现今仍然受到高度重视。
另外公元479 ~ 502年间，南齐龚庆宣整理的《刘涓子鬼遗方》是现存最早的中医外科专书。广泛记载了公元5世纪的各种外伤疗法及皮肤病如疮、疖、疽等疗法。其中的一个经典是提及用水银药膏治疗皮肤病。
